대구침산교회의 초창기는 대구에 최초의 선교사였던 배위량 목사가 그 모습을 나타낸 1893년부터 시작하여 지역 최초의 교회인 대구 제일교회가 설립되고 부속기관인 의료기관과 교육기관들이 하나하나 그 모습을 드러내어 선교사와 전도인들의 전도에 힘입어 교세가 확장되어가며 1907년 평양대부흥운동이 일어나 드디어 본 교회가 설립되게 되었다 침산교회는 대구제일교회의 창시자인 안의와 선교사에 의해 예배하기 시작하여 당시 대구에서는 3번째의 교회가 된다.

1934년 침산동에 위치한 오봉산 중턱에 교회터를 잡고 2층의 예배당을 신축하게 된다 1957년 창립 50주년을 맞아 축하예배를 통해 지역선교에 새로운 다짐을 하게 된다

6.25 전쟁과 교단분열의 혼란 속에서 침산교회는 흔들림 없이 부흥해 왔으며 1969년에는 성전을 증축하여 지역사회의 복음화에 더 많은 열정을 바치게 된다.

1986년에는 대구원대오거리에 새로운 성전을 신축하여 헌당예배를 드림으로서 발전하는 지역사회와 함께 제2의 부흥기를 준비하게 된다
1999년에는 창립90주년을 기념하여 대구북구구민회관에서 창립90주년 기념음악회를 통해 주님께 영광을 돌리고 온교인들이 기쁨을 나눴다
2009년에는 창립 100주년 기념예배를 통해그동안 본 교회에 헌신하신 교역자들에게 감사하고 지역사회와 함께하는 교회로서 새로운 100년의 비전을 선포하였다

2019년에는 창립110주년을 기념하여 캄보디아 캄퐁톰 쩡동에 쩡동침산교회를 건립하고
현지 사역자 끄언 전도사를 위임하여 인도차이나 선교의 모판을 꿈꾸기 시작하였다.